Nejen místní obyvatelé, ale i návštěvníci již velmi dobře poznali, že objevování Třeboňska je nejlépe spojit s jízdou na kole. V současné éře horských a trekingových kol se tak pro mnoho turistů stává Třeboňsko v létě doslova rájem, neboť terén vyhovuje všem výkonnostním kategoriím. Navíc – režim Chráněné krajinné oblasti Třeboňsko zakazuje do mnoha krásných míst vjezd aut – ale na kole se dá jet všude! Množství značených cest provede i nezkušené turisty bezpečně rybničnatou a lesnatou krajinou Třeboňska.

Pro cyklisty je vyznačena východně od Třeboně Naučná stezka Okolo Třeboně, která si klade za cíl umožnit obyvatelům a návštěvníkům Třeboňska poznání alespoň části jeho přírodních krás a zajímavostí. Protože je třeboňská krajina a příroda odedávna spjata s člověkem, setkává se tu návštěvník i s ukázkami jeho činnosti, ať již dávné nebo současné, kladné či záporné. Stezka vytváří okruh dlouhý 39 km, na němž je 22 zastávek vybavených informačními tabulemi. Je značena čtvercovou bílou značkou se šikmým pruhem. Cyklistická stezka využívá málo frekventovaných asfaltových silnic III. třídy a zčásti také lesních cest a hrází rybníků. Pouze nepatrné úseky vedou po silnicích II. třídy. Po dlouho trvajících deštích je nutno počítat s horší průjezdností nezpevněných cest. Trasu dobře zvládnou i méně zdatní cykloturisté, protože je vedena v převážně rovinatém terénu. V polovině, přibližně na 22 km, se ve vesnici Lutová protíná tato naučná stezka se značenou přípojkou na dálkovou značenou stezku Greenway Praha – Vídeň, jejíž nejbližší bod je poblíž Nové Bystřice.
Kromě této naučné stezky je v oblasti podél hranic s Rakouskem mezi Novou Bystřicí, Chlumem u Třeboně a Českými Velenicemi vyznačeno množství cyklotras, které dávají možnost poznat dříve nepřístupné pohraniční lesy.